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目前尚未开发出类似于Edman降解的C端序列测定技术，因此蛋白C端序列的确证服务仍然是以质谱平台为基础。根据靶蛋白理论序列信息选择互补性好的两种蛋白酶酶切蛋白，产生两个长度不同但是适宜离子化的C端肽段，经质谱检测，相互验证，最终确定蛋白C端序列。

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